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世界卫生组织专家在7月22日就蚊媒传播疾病基孔肯雅热发出警报，提醒各国做好应对准备，避免疫情大规模暴发。
南方+记者7月24日获悉，深圳企业华大智造研发的DNBSEQ基因测序仪T1+（以下简称“T1+”）为多地疾控提供硬核支撑，成功破译病例样本基孔肯雅病毒全貌，实现精准溯源。
工作人员运用T1+平台对基孔肯雅病毒进行检测。 受访者 供图
工作人员运用T1+平台对基孔肯雅病毒进行检测。 受访者 供图
据了解，基孔肯雅热在中国以输入性病例为主，防范关键在于防蚊灭蚊、锁定源头、控制传播。第一时间确认输入病例来源，能够支持疾控、海关等相关部门快速、精准、有效地制定防控策略，守护市民健康。
疾控系统基于T1+，对4例基孔肯雅病毒感染者进行测序溯源，其测序覆盖度均高于99.9%。
其中，两例感染的病毒属于基孔肯雅东中南非型，另外两例感染的病毒属于基孔肯雅亚洲型（Asian分型）。
值得一提的是，其中1例低病毒载量样本（Ct=37），采用T1+进行宏转录组测序也获得全长序列。
T1+还助力完成基孔肯雅病毒测序报告在各地疾控陆续输出，高效捕获病毒序列，支持疾控部门快速、精准、有效地制定防控策略。
据悉，基孔肯雅病毒属披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径60—70nm，只有1个血清型。病毒基因组为单股正链RNA，全长约11.8kb，内含单一可读框依次编码4种非结构蛋白和5种结构蛋白。
根据病毒基因组遗传进化分析，可分为3个基因型，分别为西非型、东中南非型和亚洲型，其中东中南非型病毒突变形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更易于经白纹伊蚊叮咬传播。
基孔肯雅病毒型别多样、突变位点多，传统的溯源方法为细胞培养后进行 Sanger 测序需要耗时数周，并且面对低病毒载量样本时细胞培养法成功率较低，2017-2019年广州40例输入病例中，仅5株成功培养（Ct＞30时成功率＜20%）。同时，基孔肯雅病毒培养需要生物安全三级实验室环境，传统方法不适用于基层疾控、一线海关口岸。
相比传统方法，宏基因组测序技术“免培养、广谱筛查、全基因组解析”的特性，使其成为应对新发突发传染病溯源工作的关键技术。
南方+记者 马芳
受访单位供图
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