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近日，广东医科大学举行AI医学院启动“暨数智化医疗与医学教育的未来—AI的机遇与挑战”学术交流会。东莞松山湖企业菲鹏生物股份有限公司（下称“菲鹏”）与华为、OPPO等获授广东医科大学AI医学院“生态伙伴”，菲鹏旗下子公司菲鹏数辉DeepConformer模型及研发团队入驻AI医学院。菲鹏成为国内首个AI医学院的首批入驻单位。
入驻广东医科大学AI医学院的不久前，在2025人工智能与生物医药大会上，菲鹏数辉发布DeepConformer 2.0升级版。作为国内首个实现“复合蛋白质动态构象预测”的模型，该技术填补了国内空白，在蛋白质动态构象市场具有显著优势。
DeepConformer模型。
DeepConformer模型。
蛋白质在生命体内从不“孤独工作”。真实生物环境中，蛋白质通过形成复合物来执行关键功能。然而传统预测技术仅关注单链结构，犹如通过单人照片推测双人舞蹈动作，准确性严重受限。2024年诺贝尔化学奖获奖的“AI+蛋白质”预测大模型Alphafold让蛋白质从“餐桌”被端上到“圆桌”，火出新高度。
菲鹏数辉自研的DeepConformer于去年6月提出，经过一年来的不断训练与尝试，2.0升级版从预测单链蛋白质动态构象，跃升到能够预测复合蛋白质动态构象，意味着其捕捉的蛋白质构象覆盖更多的真实世界场景。
长久以来，传统药物设计模式下的原研药开发，存在开发周期长、成功率低、风险大的问题。近年来，人工智能已在药物开发流程中得到广泛应用，并陆续解决药物设计背后的“痛点”。
美国研究者发现一些蛋白质突变阻碍细胞分裂，但机理却多年未解。DeepConformer2.0升级版在从单个到复合蛋白质的构象预测中，发现这些氨基酸的突变影响复合物的构象分布，从而解释了机理，这也是“突变”首次被解释。
会“跳探戈”的蛋白质。
会“跳探戈”的蛋白质。
“蛋白质的相互作用是构成细胞的基础，而我们用DeepConformer2.0发现蛋白质从单个到复合的过程中同时存在锚点及动态，这俩匹配得比较均匀，当这种动态用于蛋白质的相互作用的时候，就完美地体现了一种会‘跳探戈’的蛋白质，他们既是相互作用的，也配合得特别好。”菲鹏数辉创始人兼首席科学官马步勇说。
马步勇表示，发现蛋白质突变后，设计能解决这一问题的蛋白质，就能“完美”解决问题。这无疑给精准医疗提供了解题新思路。
依托菲鹏数辉“AI+MD（分子动力学）”的独有优势，菲鹏持续深化诊断、制药、AI的生态布局，基于DeepConformer模型的AI蛋白质工程平台、AI抗体筛选优化平台以及RNA设计AI平台，形成“AI预测高效广覆盖+MD验证精准可依赖”模式，解决行业长期面临的效率与精度难以兼得的痛点，也提供了制药、合成生物、免疫检测等广泛领域的商业化应用前景。
“三大平台能力精准覆盖了全球‘AI+蛋白质’领域，市场规模预计可达约200亿美金。”菲鹏相关负责人介绍。结合扎实的分子动力学模拟分析能力，上述核心技术可广泛应用于生物药物开发、抗体药物与多肽药物开发、蛋白酶优化、核酸药物开发等多个场景。此外，菲鹏数辉也将销售和许可使用蛋白质动态构象生成软件平台，提供年度订阅和技术支持服务，同时支持优质投资者共创产品、共享成果。
“就像我们造出了高质量的‘轮胎’，这些‘轮胎’可以安装在不同‘车’上，显著提升‘车’的速度与性能。”马步勇打了个比方。
技术优势也在转化为实际生产力。2025年年初，在松山湖的菲鹏总部，DeepConformer已运用于“蛋白质开发”，也获得上下游企业及科研院校合作意向，技术商业化路径逐步清晰。未来，菲鹏将实现内部与分子酶、抗体结合的闭环；同时延伸外部链接，与药企合作，助力精准诊疗。
采写：南方+记者 何绮莹
受访单位供图
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